北京海關是直屬海關總署領導的局級海關，下設機構28個，其中內設機構19個，有辦公室、人教處、政工辦、財務處、監(jiān)察室、督察審計室、法規(guī)處、綜統(tǒng)處、關稅處、監(jiān)管處、技術處、通關管理處、機關工會、基建辦、機關服務中心、單耗辦、歸類辦、調查局、走私犯罪偵查分局；隸屬機構3個，有首都機場海關、中關村海關、北京經(jīng)濟技術開發(fā)區(qū)海關；派駐機構6個，有駐郵局辦事處、駐平谷辦事處、駐十八里店辦事處、駐五里店辦事處、現(xiàn)場業(yè)務一處、現(xiàn)場業(yè)務二處。

　北京海關目前共有關員和緝私警察一千余人，業(yè)務管轄范圍是北京市（包括市區(qū)和所有郊區(qū)縣）。負責對北京地區(qū)進出境運輸工具、貨物、旅客行李物品和郵遞物品的監(jiān)督管理，征收關稅和其他稅費，查緝走私，編制海關統(tǒng)計。

　在貨運監(jiān)管方面，北京海關以首都機場、京津塘高速公路和北京鐵路樞紐為依托，建立了空運、海運、陸運監(jiān)管通道。年監(jiān)管貨物140多萬噸，集裝箱2萬多箱。近年積極向國際慣例靠攏，改革通關制度，先后推出 H883自動化報關、口岸直通式監(jiān)管模式、EDI快件及普貨通關系統(tǒng)，開通與16家大型企業(yè)的無紙報關聯(lián)網(wǎng)等一系列改革措施，大大提高了通關效率。

　在旅客行李物品監(jiān)管方面，為適應進出境旅客逐年大幅度遞增的形勢要求，保證在旅檢工作中監(jiān)管與方便相統(tǒng)一，北京海關從80年代中期即開始在空運旅檢工作中實行了《京都公約》F3附約中規(guī)定的紅、綠通道制度，從而大大地加快了旅客通關速度，給進出境旅客提供了便利。近年年驗放進出境旅客一直保持在500萬人次以上。

北京海關郵遞物品監(jiān)管量居全國海關首位，年驗放郵遞物品近4000萬件，進出境印刷品3600余萬件。1995年郵檢自動化系統(tǒng)正式啟用，結束了北京海關郵遞物品監(jiān)管手工操作的歷史，使郵檢工作達到全國領先水平。

　在稅收征管上，北京海關堅持依率計征，依法治稅，現(xiàn)場征稅與事后重點稽查相結合。改革開放以來，稅收年均遞增39.7%，從1999年開始，年稅收超過100億元。

　近年來，加工貿易監(jiān)管合同備案數(shù)以每年20%遞增，年備案合同達5000余份，逐步形成了多層次、多領域的保稅業(yè)務監(jiān)管體系。99年在北京海關備案的加工貿易企業(yè)有800多家，寄售維修保稅倉庫和其它備料、備件保稅庫200多家。

　北京海關每年要完成30余萬份報關單的統(tǒng)計任務，統(tǒng)計內容包括進出口貨物、品種、商量、價值、國別等項目。近年來統(tǒng)計工作制度進一步科學化，實行了計算機檢控，統(tǒng)計數(shù)據(jù)質量達到較高水平，同時，還定期向市政府及其它部門提供統(tǒng)計數(shù)據(jù)資料和統(tǒng)計分析報告，為宏觀決策服務。

　北京海關不斷加大打擊走私工作力度，逐步實現(xiàn)緝私裝備現(xiàn)代化、緝私手段科學化、緝私力量智能化。針對關區(qū)查私特點，積極有效地開展打私專項斗爭，成效明顯，查獲走私千萬元以上大案的數(shù)量逐年增加，年罰沒收入達8000萬元以上，沉重打擊了走私犯罪行為。

　北京海關堅持從嚴治關，狠抓隊伍建設，加強廉政建設，實行干部交流制度和公務回避制度，強化競爭激勵機制，大力推進人事制度改革。不斷改進態(tài)度作風，優(yōu)化作業(yè)程序，積極開展創(chuàng)建"文明窗口"活動，大力推進精神文明建設。先后有多個單位獲得各級機關的表彰和嘉獎。