烏魯木齊海關(guān)始建于1944年，當時稱"新疆關(guān)"， 由國民政府海關(guān)總稅務(wù)司署設(shè)立。1950年3月9日，中華人民共和國海關(guān)總署發(fā)布通令，將"新疆關(guān)"更名為"中華人民共和國迪化關(guān)"；1954年2月13日，海關(guān)總署電令"迪化關(guān)"更名為"烏魯木齊關(guān)"；1980年8月1日，正式稱為"中華人民共和國烏魯木齊海關(guān)"。1984年9月經(jīng)國務(wù)院批準，烏魯木齊海關(guān)為正局級海關(guān)。