1986年7月，佛山海關三水工作組成立，后來發(fā)展成為科級辦事處。
1993年7月，乘三水撤縣建市的東風，經國務院批準，中華人民共和國三水海關正式設立！同年10月16日正式掛牌,正式成立。
三水海關受廣州海關直接領導，關區(qū)管轄范圍包括佛山市三水區(qū)的9個鎮(zhèn)（街道）。主要業(yè)務種類有：監(jiān)管進出境運輸車輛、來往港澳小型船舶、監(jiān)管進出口貨物、征收關稅和其他稅費，辦理轄區(qū)內“三資”企業(yè)、保稅倉庫的注冊登記、報關員的注冊登記，加工貿易企業(yè)的合同備案、核銷與執(zhí)行中期的核查、稽查、查緝走私違法活動，編制海關統(tǒng)計等。
